A. melanopus có chiều dài cơ thể tối đa được ghi nhận là 12 cm[4]. Cá trưởng thành có màu đen ở hai bên thân cũng như vây bụng và vây hậu môn, còn mõm, bụng, vây lưng và đuôi có màu đỏ (nhưng đôi khi phớt màu vàng nhạt). Sau đầu có một dải sọc màu trắng (một số cá thể ở biển San Hô có thể mất đi dải sọc trắng này)[6].

Vây bụng và vây hậu môn có màu đen là đặc điểm giúp phân biệt A. melanopus với Amphiprion frenatus và Amphiprion rubrocinctus[6].

Số gai ở vây lưng: 10; Số tia vây ở vây lưng: 16–18; Số gai ở vây hậu môn: 2; Số tia vây ở vây hậu môn: 13–14[4].